El caso ha pasado por 7 instancias distintas a la espera de la decisión del Tribunal Supremo: Colegio Gaztelueta, Inspección de Educación, Fiscalía de Menores, Fiscal Superior del País Vasco, el Papa Francisco, el Juzgado de Getxo y la Audiencia Provincial de Bizkaia.
Colegio
La investigación que ha llevado a cabo el colegio Gaztelueta ha tenido varias fases debido a que las acusaciones han ido evolucionando y agravando a lo largo del tiempo. En un principio, en junio de 2011, las acusaciones fueron fundamentalmente por el ciberbullying –que había sufrido en primavera de 2011- y un supuesto acoso escolar– que habría sufrido entre 2008 y 2010- en la que estaría implicado el profesor como instigador y del que recibía maltrato emocional. Finalmente, en junio de 2015, el joven se querelló contra el antiguo profesor por haber sufrido supuestos abusos y agresión sexual.
Respecto al profesor, no se encontró ninguna prueba que acreditara las acusaciones. Se han aportado en el Juzgado los documentos que describen la investigación realizada por el Colegio, informes académicos y numerosos testimonios de alumnos y profesores que contradicen la versión del joven en lo relativo a los supuestos hechos realizados por el profesor de forma pública. También se aportó el historial de navegación de Internet que el profesor realizó en el ordenador del despacho durante esos años.
Inspección de educación
La Inspección de Educación mantuvo varias reuniones con el colegio y con la familia y elaboró un informe que más adelante se remitió a la Fiscalía de Menores.
Fiscalía de Menores
La Fiscalía de menores abrió diligencias preliminares respecto a los mensajes amenazantes y vejatorios recibidos telemáticamente y no elevó el caso del profesor.
Fiscal superior del País Vasco
Las diligencias llevadas a cabo por el fiscal superior del País Vasco duraron varios meses y concluyeron en septiembre de 2013 con el archivo del caso. El Fiscal lo comunicó de forma oficial al colegio Gaztelueta mediante una carta.
Papa Francisco
Una vez archivado el caso del profesor por parte de la Fiscalía, la familia escribió al Papa Francisco una carta. Unas semanas más tarde, el Papa contestó con una postal navideña el 29 de diciembre de 2014 y que fue publicada por el periódico El Mundo, el 2 de octubre de 2015.
En enero de 2015, el Papa ordenó una investigación a la Congregación de la Doctrina de la Fe que concluyó en octubre de 2015. En una carta firmada por Luis F. Ladaria señaló las conclusiones y pidió que se restituyera el buen nombre y la fama del profesor.
Entre las varias fases que ha tenido la investigación ordenada personalmente por el Papa, hubo una más profunda consistente en el envío de un delegado pontificio para que realizara una nueva investigación in situ, tomando declaración a los implicados y a varios testigos.
Juzgado de Getxo
Practicadas las diligencias de investigación en el Juzgado de Getxo, se eleva el caso a juicio con la imputación del profesor.
Audiencia Provincial de Bizkaia
El juicio tiene lugar entre el 4 y el 11 de octubre de 2018. Se da total credibilidad al testimonio del joven.